Filogenetyka – dział biologii zajmujący się badaniem drogi rozwojowej (filogenezą) organizmów. Przedmiotem zainteresowania filogenetyki są organizmy żyjące współcześnie oraz kopalne, ich pochodzenie i relacje pokrewieństwa. W swoich badaniach korzysta z osiągnięć paleontologii, genetyki i innych nauk przyrodniczych.
Poprzez badania rozwoju osobniczego organizmów niemiecki badacz Ernst Haeckel, sformułował tezę mówiącą, że ontogeneza powtarza filogenezę, co oznacza, że we wcześniejszych etapach rozwoju organizmu występują cechy fenotypowe charakterystyczne dla jego filogenetycznych przodków. Prawo to znane jest jako teoria biogenetyczna.
