Filogeneza (gr. φυλη – gatunek, ród i γενεσις – pochodzenie) – droga rozwoju rodowego, pochodzenie i zmiany ewolucyjne grupy organizmów, zwykle gatunków. Termin wprowadzony w 1866 roku przez Ernsta Haeckla w Generelle Morphologie der Organismen.
Jednym z zadań systematyki jest ustalenie relacji pokrewieństwa pomiędzy znanymi organizmami, zarówno współczesnymi jak i wymarłymi, czyli ich filogenezy. Dział biologii zajmujący się badaniem filogenezy organizmów to filogenetyka.
