Mikrofiltracja – metoda filtracji zawiesin przy użyciu membran porowatych. Pory w membranach do mikrofiltracji są względnie duże (0,2-10 μm) więc już przy niewielkim ciśnieniu (0,1-0,3 MPa) przepływ jest duży i wynosi od kilku do kilkunastu m³ x m-2 x h-1. Otwory są na tyle duże, że nie przechodzą przez nie jedynie koloidy, zawiesiny, bakterie i wirusy, a przepuszczane są substancje rozpuszczone w roztworze jak mikro i makroelementy, witaminy, rozpuszczalne białka.
Metoda ta znalazła zastosowanie w biotechnologii do wydzielania biomasy oraz sterylizacji np. pożywek i piwa. W piwowarstwie mikrofiltracja zastępuje pasteryzację. Pozwala ona browarom na produkcję piwa niepasteryzowanego o przedłużonej do kilku miesięcy przydatności do spożycia.
Stosując metody mikrofiltracji w zależności od potrzeb można prowadzić procesy ciągłe w celu uzyskania biomasy lub metabolitów zewnątrzkomórkowych. Typowe zastosowania tej metody to filtracja sterylna mleka i solanki oraz oczyszczanie roztworów z zawiesin, jako metoda alternatywna dla wytrącania i odwirowania.
