Mikroorganizm (z gr. μικρός, mikrós, "mały" i ὀργανισμός organismós, inaczej drobnoustroje, mikroby) – organizm obserwowany dopiero pod mikroskopem. Pojęcie to nie jest zbyt precyzyjne, lecz z pewnością mikroorganizmami są bakterie, archeony, pierwotniaki i niektóre grzyby. Najprezecyjniej grupa ta definiowana jest jako ogół organizmów jednokomórkowych, dlatego nie można terminu tego stosować do bardzo małych przedstawicieli różnych grup zwierząt, takich jak np. nicienie, wrotki, roztocza, niesporczaki, owady itd.
Dawniej do tej grupy zaliczano także wirusy, lecz obecnie są one klasyfikowane poza grupą organizmów żywych.
Zespół mikroorganizmów zasiedlających dane środowisko (np. glebę, ciało człowieka) określany jest jako mikrobiom[1] lub mikrobiota[2].
