Pompy protonowe – integralne białka błonowe, zdolne do transportu protonów (jonów wodorowych H+) przez błony biologiczne przeciwnie do ich gradientu stężenia. Proces transportu jest procesem wymagającym energii.
W komórkach okładzinowych żołądka występuje pompa wymienna K+ na H+ (bez ATP).
W kanaliku dalszym nefronu występuje klasyczna H+-ATPaza pompująca jony wodoru do światła kanalika
Zobacz też: Inhibitory pompy protonowej
