Szyfr polialfabetyczny – uogólnienie szyfru monoalfabetycznego na większą liczbę przekształceń.
Szyfr taki składa się z n przekształceń, takich że pierwszą literę szyfrujemy pierwszym przekształceniem, drugą drugim itd., po czym powtarzamy przekształcenia od początku począwszy od litery n+1. Szyfry polialfabetyczne maja współcześnie wyłącznie historyczne znaczenie.
Przykładami szyfrów polialfabetycznych są szyfr Vigenere'a i szyfr Beauforta.
